律师解答：
1，犯罪主体不同。本罪的主体必须是国家机关工作人员背叛国家罪的主体只要是跨国公民即可。2，在客观方面有所不同。本罪的客观行为表现为在履行公务期间叛逃境外或者在境外叛逃，危害中华人民共和国国家安全和行为背叛国家罪则表现为勾结外国，危害中华人民共和国的主权、领土完整和安全的行为。
【法律依据】：
《中华人民共和国刑法》 第一百零九条 国家机关工作人员在履行公务期间，擅离岗位，叛逃境外或者在境外叛逃的，处五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利；情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑。掌握国家秘密的国家工作人员叛逃境外或者在境外叛逃的，依照前款的规定从重处罚。